南京市中醫(yī)院（南京中醫(yī)藥大學附屬南京中醫(yī)院、南京市中醫(yī)藥研究所）成立于1956年，現(xiàn)有1個主院區(qū)（大明路院區(qū)）、1個分院區(qū)（城南分院），三個緊密合作型醫(yī)聯(lián)體：浦口分院（南京市浦口區(qū)中醫(yī)院）、高淳分院（南京市高淳中醫(yī)院）、濱海分院（鹽城市濱海縣中醫(yī)院），是新中國成立最早的中醫(yī)醫(yī)院之一，發(fā)展到現(xiàn)在已是一所中醫(yī)特色明顯，集醫(yī)療、教學、科研、預防保健、康復和急救功能為一體的、具有中國傳統(tǒng)文化特色的花園式、現(xiàn)代化大型三級甲等中醫(yī)院，是全國肛腸醫(yī)療中心、國家級區(qū)域診療中心。醫(yī)院現(xiàn)占地面積92畝，建筑面積31.1萬平方米，編制床位1500張，在職職工1925人，其中高級職稱衛(wèi)技人員459人，碩博士458人。醫(yī)院科室設置完善，現(xiàn)有國家級重點學科1個（中醫(yī)肛腸病學），國家級重點專科7個；江蘇省重點學科1個（中醫(yī)腦病學），江蘇省重點專科8個；南京市中醫(yī)重點?？?6個。醫(yī)院有國家、省市級名中醫(yī)80人，國家級名中醫(yī)工作室5個、省級名中醫(yī)工作室6個、市級名中醫(yī)工作室27個、國家及省級名中醫(yī)工作室基層工作站4個、市級名中醫(yī)工作室基層工作站24個。設立了院士工作站、江蘇省研究生工作站、江蘇省博士后創(chuàng)新實踐基地、南京市中醫(yī)藥現(xiàn)代化與大數(shù)據(jù)研究中心、南京市中醫(yī)藥轉(zhuǎn)化醫(yī)學基地、南京市普外科臨床醫(yī)學中心、南京市醫(yī)學重點實驗室、南京市臨床生物資源樣本庫等。

醫(yī)院擁有院內(nèi)自制制劑122種。擁有國家級非物質(zhì)文化遺產(chǎn)代表性項目：丁氏痔科醫(yī)術；江蘇省非物質(zhì)文化遺產(chǎn)項目：“洪氏眼科”“金陵中醫(yī)推拿術”；與多名國醫(yī)大師、國醫(yī)名師達成合作協(xié)議；與美國、比利時等多所大學開展院校間科研、教學、人才培養(yǎng)全面合作。在全國率先創(chuàng)立多專業(yè)一體化診療平臺，并作為典范向全國推廣建設經(jīng)驗。

2021年，醫(yī)院榮登“2021年度中醫(yī)醫(yī)院學科（?？疲W術影響力”中醫(yī)肛腸病學全國排行榜第二名；肛腸科、腦病科被評為“2021屆中國中醫(yī)醫(yī)院最佳臨床型?？啤?。獲批1個省級臨床醫(yī)學中心—“江蘇省中醫(yī)肛腸疾病臨床醫(yī)學創(chuàng)新中心”，獲批2個市級臨床研究中心—南京市中西醫(yī)結合疫病研究中心、南京市中西醫(yī)結合心血管病研究中心。醫(yī)院樊志敏、顧寧、孔薇3位專家入選第四批省名老中醫(yī)藥專家傳承工作室建設項目專家名單。